Detective Conan The Movie ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ 5 ตอนกลางดึก ในระหว่างที่ไปตั้งแคมป์กับโคนัน พวกเด็กๆและดร.อากาสะ ไฮบาระซึ่งไม่น่ามีใครให้โทรหา กลับใช้โทรศัพท์โทรไป ณ ที่ใดที่หนึ่ง และในระหว่างที่โทร เก็นตะที่ตื่นมาเข้าห้องน้ำก็เห็นเข้าพอดีจึงเก็บมาถามไฮบาระ ระหว่างเดินทางกลับ ไฮบาระก็ตอบกลับบ่ายเบี่ยงไปว่า เก็นตะละเมอไปเอง
แต่จากท่าทางของไฮบาระ ทำให้โคนันและดร.อากาสะสงสัย จากนั้นพวกโคนันจึงเดินทางไปแวะที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิและพบกับโคโกโร่ รัน และโซโนโกะที่ได้รับเชิญจากโทคิวะ มิโอะ เจ้าของตึกทวินทาวเวอร์เพื่อให้มาดูตึกก่อนที่จะมีงานเปิดตัวและพบกับบุคคลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ประกอบด้วย ซาวางุจิ จินามิ,โอกิ อิวามัตสึ,คิซารางิ โฮซุย,ฮาระ โยชิอากิ,คาซามะ ฮิเดฮิโกะ และที่ตึกนี้เอง โคนันเริ่มเจอร่องรอยของพวกชายชุดดำและได้พบว่าไฮบาระโทรไปหาใคร
แต่ทว่าก่อนงานเปิดตัวเพียงไม่กี่วัน บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตึกทวินทาวเวอร์ก็เริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน ท่ามกลางความสงสัยของโคนันว่าเกี่ยวข้องกับชายชุดดำหรือไม่ จนกระทั่งถึงวันงานเปิดตัวตึกก็ยังเกิดเหตุฆาตกรรม แล้วตึกทวินทาวเวอร์ก็ยังถูกระเบิดตามชั้นต่างๆ ด้วยแผนของชายชุดดำเพื่อตามหาเชอรี่หรือก็คือไฮบาระนั่นเอง หลังแขกทุกคนอพยพออกจากตึกแล้วโคนันกับรันยังติดอยู่ที่ชั้น 45 ของตึกที่กำลังไฟไหม้รุนแรง รันจึงต้องใช้วิธีเสี่ยงตายและความรักที่มีต่อชินอิจิในการเอาตัวรอดครั้งนี้
เมื่อรันกับโคนันออกจากตึกได้แล้ว ทุกคนก็ต้องพบว่าอายูมิ เก็นตะ มิตซึฮิโกะและไฮบาระรวมถึงคนร้ายในคดีฆาตกรรมยังติดอยู่บนตึกทวินทาวเวอร์อยู่ โคนันจึงต้องขึ้นไปบนตึกอีกครั้ง เพื่อช่วยพวกเด็กๆและคนร้าย แต่เนื่องจากแผนการอันรัดกุมของชายชุดดำทำให้ตึกไฟไหม้ถึงชั้น 70 และระเบิดจนไฟไหม้บนดาดฟ้า รวมถึงมีการวางระเบิดในห้องจัดงานเลี้ยง ชั้น 75 ที่พวกโคนันอยู่ เวลาเพียงไม่กี่นาทีก่อนที่จะระเบิด พวกโคนันจะทำเช่นไรกับทางรอดเดียวที่มีอยู่คือ รถเฟอร์รารี่ที่เป็นของรางวัลในงานเลี้ยง พวกโคนันจะสามารถรอดจากตึกทวินทาวเวอร์ที่ไฟไหม้ได้หรือไม่ ใครเป็นคนร้ายตัวจริงในคดีฆาตกรรม ไฮบาระจะถูกชายชุดดำเจอตัวหรือไม่
