Detective Conan The Movie ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ 3โคโกโร่ รัน และโคนันได้รับเชิญจาก สึสึกิ ชิโร่ให้มาที่เมืองโอซาก้า เพื่อช่วยปกป้องอิมพีเรียล อีสเตอร์ เอ้ก ใบที่ 51 หรือ เม็มโมรี่ เอ้ก ให้พ้นจากการขโมยของ จอมโจรคิด โดยได้รับความช่วยเหลือจาก สารวัตรนาคาโมริ เฮย์จิและตำรวจโอซาก้า
แต่ถึงกระนั้น ด้วยแผนการอันชาญฉลาดของจอมโจรคิดและการคาดคะเนเวลาปรากฏตัวของจอมโจรคิดผิดพลาด เม็มโมรี่ เอ้กจึงตกอยู่ในมือของจอมโจรคิด แต่ในตอนที่จอมโจรคิดกำลังใช้เครื่องร่อนบินหนี ก็โดนบุคคลนิรนามยิงเข้าที่ตาขวาแต่โชคดีที่มีกระจกกันเอาไว้ ทำให้โคนันซึ่งตามจอมโจรคิดมาสามารถที่จะเก็บรักษาเม็มโมรี่ เอ้กไว้ได้
วันต่อมา เม็มโมรี่ เอ้กจึงถูกส่งกลับโตเกียวด้วยเรือของตระกูลสึสึกิเพื่อตรวจดูความเสียหาย บุคคลที่อยู่บนเรือนอกจากพวกของโคนันแล้ว ก็มีโคซากะ นัตสึมิ,ซาวาเบะ คุระโนสึเกะซึ่งเดินทางมาเพื่อบอกเกี่ยวกับเม็มโมรี่ เอ้ก ทำให้โคนันและทุกคนทราบว่ามีเม็มโมรี่ เอ้กอีก 1 ใบอยู่ที่ปราสาทชิโยโกสึกะนิชิโนะ มาซาโตะ,เซลเก้ ออฟตินนิคอฟ,อินุอิ โชอิจิ,โฮชิ เซรัน และซางาวะ ริว
ซึ่ง 1 ในบุคคลเหล่านี้ก็มีสกอร์เยนรวมอยู่ด้วย บนเรือจึงเกิดคดีฆาตกรรมขึ้น สารวัตรเมงูเระจึงต้องเดินทางมาพร้อมกับตำรวจ ซึ่งเหตุการณ์บนเรือก็ทำให้รันและผู้หมวดชิราโทริเริ่มสงสัยในตัวโคนัน เมื่อบุคคลที่เหลืออยู่เดินทางมาที่ปราสาทชิโยโกสึกะ ก็เดินสำรวจปราสาท จนกระทั่งโคนันเจอทางลับใต้ดินของปราสาท ระหว่างเดินในทางใต้ดินก็เจอกับพวกเด็กๆที่ตกมาจากหอคอยเล็กข้างปราสาท ในทางใต้ดินนี้เอง ที่โคนันเจอกลไกและความลับของเม็มโมรี่ เอ้กที่ซ่อนไว้
แต่แล้วก็เกิดการฆาตกรรมและการขโมยเม็มโมรี่ เอ้กขึ้น โคนันจึงวิ่งตามคนร้ายไปบนปราสาทที่กำลังลุกไหม้เพราะฝีมือของสกอร์เยน โคนันได้เจอกับสกอร์เยนตัวจริงและไขคดีทั้งหมด สกอร์เยนพยายามฆ่าโคนันแต่ก็ไม่เป็นผล เมื่อสกอร์เยนถูกจัดการจนสลบไป ผู้หมวดชิราโทริก็เข้ามาช่วยโคนัน แต่ไฟก็โหมไหม้ปราสาทรุนแรง คนที่อยู่ทางใต้ดินก็ขึ้นมาหมดแล้ว เหลือเพียงคนที่อยู่ในปราสาทเท่านั้น
